截至2016年6月,中国共有省级行政区划单位34个，直辖市4个，地级市293个。目前全国有各级公积金管理机构却有606个。记者调研发现，各地公积金管理中心共开发出几百套公积金管理系统，每个系统花费数百万元到上千万元，每年还有几十上百万的升级维护费，金额惊人。各系统没有统一标准，致信息难共享，每月月底，想全国汇总一个数据都很难。（7月6日新华网）
公积金缴存总额已经突破13万亿元，这个时候应该好好进行管理。而管理的最好办法就是一个系统而且相互衔接，让信息共享。可是现在却是存在着几百个五花八门的系统，这些系统没有统一的技术标准、数据标准、接口标准。在这样一个个信息孤岛下，各自为政，如何能管好这些公积金。
用一个系统管理这些公积金并不是没有可能，现在每一个银行都是一个系统，没有哪个大型银行每个市区的分行都自己花钱购买设计服务软件？如果这样，这样的银行岂不是乱了套。而作为公积金的管理提取和银行类似，因此只需要开发一个系统也就行了，顶多各地根据实际情况进行相关软件和设计的升级，现在却有几百个系统，看来并不是缺少技术。
而且一旦统一系统，好处很多，如可以让信息共享，对各地公积金部门来说，可以减少不必要的浪费。现在很多公积金部门都有自己的系统，这是明显的重复投入。每个系统动辄花费数百万元到上千万元，每年还有几十万、上百万元的升级维护费用。几百个系统的开发，几个亿的投入，这产生了多大的浪费呀。
利益驱动
这么多的好处一些公积金部门不是不知道，但是他们还是不愿意做，除了缺少顶层设计外，恐怕一个重要的原因就是存在利益驱动。由于公积金的事业发展、人员工资等都依靠在公积金增值收益中提取的公积金管理费用，而每年各地用于投资公积金软硬件开发和升级的费用是一笔大头支出，“明明知道这么花钱是浪费，但不浪费，这笔钱就到不了管理机构的账上。
腐败问题
另外，里面也存在着腐败。近年来，频频引发社会诟病的公积金问题，例如2013年吉林烟草公司高管公积金每月缴纳1.4万元、兰州石化超比例为职工缴存公积金等。如果一旦这些系统相互衔接，信息共享，那么他们这么做也会怎么容易吗？恐怕早已暴露在公众下，在强大的社会压力下，不敢这么做。
现在各自为政的信息系统，即使缴纳再高得公积金，也会在信息孤岛下难以让外人知道。正是因为如此，他们才不会用同意的信息系统呢。现在在很多同一个城市内，还有电力、煤炭、石油、铁路几个分中心，分中心名义上是住房公积金管理中心的下属单位，但人、财、物全部独立运作，中心根本管不了，只有所谓的“业务指导”关系。除非审计部门检查，要不然分中心出什么问题上面中心不会知道的。
一是理顺关系，公积金数百个管理系统之所以存在，我们不满明白其中的原因。要想避免这样的现象，首先要理顺关系。2002年国务院修改《住房公积金管理条例》，明确要求直辖市和省、自治区人民政府所在地的市以及其他设区的市(地、州、盟)应当按照精简、效能的原则，设立一个住房公积金管理中心，负责住房公积金的管理运作。这应该推进到位，现在在同一个城市内有分中心的往往都是垄断国企，他们自成一体，这应该撤销。
二是要明确主管部门。地住房公积金管理机构的“婆婆”五花八门，性质也不尽相同主管部门的不同，致了各地住房公积金管理机构在管理、运营、策略方面的巨大差异，这应当改变。
三是要进行顶层设计，在借鉴一些地方公积金中心成熟管理系统的基础上，由住建部协调制作统一的管理软件，全国几百个管理机构统一共享，既节约资源，也可为后续的系统开发、监管、升级和发展提供统一的平台基础。
从当前我国的住房公积金的管理情况来看，还存在着一系列的问题，对住房公积金的管理机构以及管理体制没有完善建立，这就造成了实际管理工作实施中有着很大的阻碍。根据实际的调查能够看到，有待城市在住房公积金的管理中，并没有按照统一管理以及统一制度进行操作。住房公积金的管理是通过条块分割的形式进行管理的，所以在管理起来就比较的混乱，管理不顺利。
再者，住房公积金的实际管理中，对资金的管理没有集中化。由于资金管理的分散化，这就必然会影响住房公积金的作用发挥。在资金的使用效率上相对比较低，没有真正发挥出住房公积金的优势。加上有的城市对住房公积金的贷款宣传没有加强，一些民众对住房公积金的使用还不是很清楚。还有就是在进行申请住房公积金的时候手续比较繁琐，这些都阻碍了对住房公积金的管理。
没有正确的对住房公积金进行定位。由于住房公积金是专项资金，这一性质也使得需要通过专门机构进行监督管理。但是在具体对住房公积金的定位方面，由于在管理的主体地位和机构性质没有明确化，这就从很大程度上影响了制度的推进以及完善，对相关部门间的协调统一就形成了很大阻力。